SMB. BULLETIN D'INFORMATION N° 2
TRIMESTRIEL, OCTOBRE 2004

ACCUEIL/ STATUTS / ASSEMBLEES GENERALES / CONSEILS / BUREAU & CORRESPONDANTS /CONGRES / ANNUAIRE / BOURSES / JOURNAL / LIENS

Inscription/Désinscription à la liste de Diffusion

Votre adresse E-Mail :
Inscription
Désinscription


Douze Lauréats primés lors du Congrès de Marrakech 2004

L'organisation à Rabat d'une journée scientifique sous le thème 'Valorisation des résultats de la recherche scientifique: du Laboratoire à l'Entreprise-Les incubateurs d'entreprise' (http://biokimia.org/journal.html#journee10mai2003) était un exemple d'activités permettant de se rendre compte de l'élan de la valorisation de la recherche scientifique au Maroc. Il a permis d'avoir une idée sur les incubateurs d'entreprises au Maroc,leur moyens d'organisation, les problèmes qu'ils rencontrent et les perspectives d'avenir.
INTERET DE LA SMB ENVERS LES JEUNES CHERCHEURS
Consciente du rôle joué par les jeunes chercheurs dans le développement de la recherche scientifique dans le pays, La SMB a tracé dans ses principaux objectifs le soutien et l'encouragement des jeunes chercheurs. A l'instar des autres Sociétés, la SMB a commencé à instaurer des prix de mérite récompensant les meilleurs travaux réalisés en Biochimie par les chercheurs de moins de 35 ans.
Une autre forme de soutien au jeunes chercheurs réside dans l'attribution de bourses pour participation aux congrès où les boursiers sont prix en charge sur leur inscription et leur logement.
Plus encore, la reconnaissance des efforts déployés par les jeunes chercheurs en matière de recherche scientifique, concrétisée par des attestations, est une autre mesure incitative à ne pas négliger.

Pour marquer, encore plus, sa participation à l'édification d'une forte société de jeunes chercheurs biochimistes, la SMB doit encore initier d'autres actions motivantes pour les jeunes allant de l'ouverture de concours en ligne (à l'instar de l'action de la Société de Biochimie d Royaume Uni; http://www.biochemsoc.org.uk/education/competitions.htm) jusqu'à l'attribution de prix pour distinguer les travaux scientifiques de haut niveau (à l'intar de l'action de la Société Française de Biochimie et Biologie Moléculaire; http://coli.polytechnique.fr/sfbbm/prix.html).

VIE DE LA SOCIETE

BIENTOT 10 ANS D'EXISTENCE POUR LA SMB.
Au 25 Novembre 2005, la Société Marocaine de Biochimie fêtera son dixième anniversaire. Dix années d'existence; c'est peu! mais avec quelles réalisations? On peut toujours faire des bilans. Qu'ils soient positifs ou négatifs, les bilans permettent de voir le présent et de préparer le future avec de nouvelles visions.
Les grandes actions de la SMB concernent la recherche scientifique et l'enseignement de Biochimie. Ainsi, chaque 2 années la Société organise un Congrès de Biochimie qui réunit tous les spécialistes en leur permettant de présenter les nouveautés dans les résultats des recherches scientifiques menées dans différents laboratoires. C'est une occasion, pour l'échange d'xpériences et la discussion des problèmes relatifs aux activités de recherche scientifique. Dans son cursus étalé sur la période 1995-2004, la SMB a organisé 3 congrès ou forums:
PREMIER FORUM DE BIOCHIMIE 1997 A RABAT (http://biokimia.org/congres.html#forum1)
PREMIER CONGRES NATIONAL DE BIOCHIMIE 2002 A CASABLANCA (http://biokimia.org/congres.html#congres1)
CONGRES INTERNATIONAL DE BIOCHIMIE-FORUM DES JEUNES CHERCHEURS 2004 A MARRAKECH (http://biokimia.org/congres2004.html).
Le choix de Congrès internationaux est justifié par la volonté d'étendre les échanges d'expériences avec d'autres sociétés savantes internationales. L'expérience de Marrakech 2004 a permis de tisser les liens avec l'une des plus anciennes Sociétés de Biochimie et Biologie Moléculaire au Monde, la Société Française de Biochimie et Biologie Moléculaire (SFBBM, http://coli.polytechnique.fr/sfbbm).
D'autre part, l'organisation de journées scientifiques et pédagogiques
a été toujours guidée par la motivation de dresser les bilans et projeter les moyens de promotion de la recherche scientifique et de l'enseignement de Biochimie et de Biologie Moléculaire dans toutes les Universités.


REFORME DU SYSTEME D'ENSEIGNEMENT. QUELLE PLACE POUR LA BIOCHIMIE ET LA BIOLOGIE MOLECULAIRE ?

La Charte nationale d'éducation et de formation et la loi 01.00 portant organisation de l'enseignement supérieur accordent aux universités une large autonomie pédagogique et scientifique. L'enseignement supérieur est actuellement organisé sous forme de filières* et de modules*.

Il appartient aux universités de proposer leurs projets de filières de formation, leurs conditions d'accès aux cycles et filières et leurs régimes des études et des évaluations. Il est certain que cette nouvelle conception encouragera la diversité tout en veillant sur le caractère national des diplômes délivrés. Si les filères du premier cycle sont déjà fonctionnelles depuis plus d'un an, des filières de licence (Bac + 3) sont en train d'être montées par différénts Etablissements universitaires.

 

Personne n'ignore les grandes difficultés qu'engendre le système actuel à l'échelle d'organisation des enseignements et des évaluations qui s'y rapportent.

Au début de l'année universitaire prochaîne (2005-2006) nous saurons les types de filières licence consacrées essentiellement à la biochimie ou incluant des modules à caractères biochimique (+ Biologie moléculaire). Les raisons d'être des formations approfondies en Biochimie et en Biologie moléculaire reposent sur plusieurs considérations, comme:

L'enseignement de la Biochimie et la Biologie moléculaire doit prendre en considération des bases pratiques où l'étudiant essaiera de passer à l'application pratique de ses connaissances théoriques. L'infrastructure nécessaire pour les travaux pratiques (TP) n'est pas toujours existante dans beaucoup d'universités parce qu'elles n'ont pas les moyens ou elles n'avaient pas développé au préalable des activités de recherche scientifique qui sont généralement génératrices de projets et de protocoles expérimentés localement. La formation par la recherche scientifique a été souvent la clé de réussite des formations engagées par plusieurs universités qui avaient fait le choix de développer la recherche scientifique.
L'enseignement de la Biochimie et la Biologie moléculaire doit disposer du temps et de supports suffisants et adéquats.
En effet, les formations actuelles voulant toucher à plusieurs disciplines en même temps, consacrent peu de temps à la Biochimie qu'elles réduisent uniquement aux techniques d'analyse.

Les notions biochimiques de base bien assimilés par les apprenants restent nécessaires pour l'approfondissement des enseignements subséquents. De l'autre côté, l'étudiant se plaigne d'un manque de temps (trop c'est trop !!). Dans les universités dotées de supports informatiques suffisants, une partie des connaissances à inculquer est distribuée aux étudiants sous forme de supports multimedia (CD, DVD,..) ou mise à leur disposition sur le réseau internet. L'utilisation de l'informatique et des moyens de communication est une des prérogatives de la charte nationale d'éducation et de formation. A l'encontre de ce qu'on peut penser, les enseignants vont travailler encore plus dans cet environnement. Pour avoir une idée sur ce contact (pouvant être éffectué par courrier électronique) entre étudiants et enseignants, on peut consulter des exemples commme celui relatif à la page web http://voh.chem.ucla.edu/vohtar/spring98/153A.
Dans beaucoup d'Universités, la filière du premier 'Science de la Vie et de la Terre' avait consacré un enseignement de Biochimie se répartissant selon les semestres suivant: S
3: module 'Biochimie Structurale/Enzymologie (notions)' couvert sous 90 heures (cours, TD, TP) dont 20% de TP; S4: module 'Biochimie métabolique-Biologie Moléculaire' couvert sous 90 heures (cours, TD, TP) dont 20% de TP. La BM est à 37% dont 14% en TP. Beaucoup de filières licence qui sont en préparation, prévoient des modules consacrés à la Biochimie et la Biologie Moléculaire. Comme exemple, on peut citer un projet de module 'Biochimie Végétale' (en S5) d'un projet de filière licence 'Biologie Appliquée à la Valorisation des Végétaux'.

* Une filière est un cursus de formation comprenant un ensemble cohérent de modules pris dans un ou plusieurs champs disciplinaires et ayant pour objectif de faire acquérir à l'étudiant des connaissances, des aptitudes et des compétences. Une filière est constituée de 14 à 16 modules dont 10 au moins sont obligatoires et constituent le tronc commun.
*Le module est l'unité fondamentale du système de formation. Il comprend un à quatre éléments de module qui peuvent être enseignés dans une ou plusieurs langues ; un élément de module peut être soit une matière enseignée sous forme de cours théoriques et/ou de travaux dirigés et/ou de travaux pratiques, soit une activité pratique consistant en travaux sur le terrain, en projet ou en stage.
Une activité pratique peut constituer une partie d'un module, un module entier ou plusieurs modules.
Les différents éléments d'un module constituent une unité cohérente. Un module d'enseignement s'étale sur un semestre et correspond à un volume horaire compris entre 75 et 105 heures d'enseignement et d'évaluation


REGARD SUR LES METHODES D'ENSEIGNEMENT ET DE RECHERCHE EN BIOCHIMIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE

STRUCTURES MOLECULAIRES ET BIOINFORMATIQUE
La Biochimie reste une discipline difficile à enseigner. Plusieurs causes sont derrière cette situation actuelle dont, en particulier: la diversité des molécules (en 1940, on ne connaissait que les structures de quelques centaines de composés. Peu de voies métaboliques avaient été décrites. Actuellement, le nombre de composés biochimiques isolés, purifiés et étudiés s'exprime par millions et des millions de types de protéines sont prédits par calcul.IL EST DEVENU IMPOSSIBLE AUX SPECIALISTES DE TOUT RETENIR ET DE TOUT CONNAITRE). Les méthodes d'enseignement sont aussi critiquées. Certains déplorent l'absence de l'enseignement de la géometrie dans l'espace et demandent une nouvelle façon de 'voir les choses'. En effet, La conception d'un enseignement de biochimie moderne repose sur la considération d'éléments importants comme:
- Acquisition de concepts de structures dans l'espace qui permet la compréhension de la structure réelle des molécules et la définition de leur anatomie.

- Intégration de la biochimie dans la compréhension globale du fonctionnement des êtres vivants. En effet, il existe de cloisonnements artificiels entre la biochimie, la biologie moléculaire, la biophysique, l'histologie et d'autres disciplines.

Dans l'idée de conception des structures moleculaires dans l'espace et dont l'utilité devient évidente lors de l'enseignement des interactions protéines-ligands, comme en enzymologie, on peut peut commencer à mettre en place des tutoriaux sur la structure de protéines connues comme l'hémoglobine. Ceux ci serviront d'exemples de molécules que l'étudiant sera amené à étudier après les avoir téléchargées à partir de banques de données sur le réseau internet.

Parmi les programme de visualisation des molécules dans l'espace, RasMol peut être utilisé. En exploitant les connaissances de base sur la protéine de son choix, l'étudiant préparera un compte-rendu de 4-5 pages décrivant en détail la structure de la molécule (hélices alpha, feuillets béta, acides aminés d'un site actif et leurs interactions avec un ligand,...).Un index contenant au moins 3-6 images RasMol peut être joint au compte-rendu. Les informations de base sur la molécule sujet d'étude ainsi que des références bibliographiques peuvent être jointes au compte-rendu. Les images peuvent être saisies sous format zip et envoyées par E-mail à l'enseignant.Le programme RasMol, les tutoriaux (ex. hémoglobine) et des exemples de structures macromoléculaires (Protéines, Enzymes, DNA, Complexes,..) peuvent être mis à la disposition des étudiants sous forme de CD.

PROJET STRUCTURE MOLECULAIRES

Plus de détails peuvent être consulté sur le site web de la Société Marocaine de Biochimie: http://biokimia.org/structures_preambuleSMB.html.


PUCES A DNA
Puces à DNA ou bio-puces, en anglais 'gene chips', 'DNA chip technology', 'microarrays' est une technologie pouvant faire l'analyse des expressions du DNA (transcriptome). L'idée était venue en 1989 d'une équipe yougoslave et d'une équipe russe (1,2) qui étudiaient le concept de séquençage par hybridation. Le résultat d'une hybridation est codé de façon binaire. Pour une hybridation (brins de DNA complémentaires) correspond le bit 1. Pour l'absence d'hydridation (brins de DNA non complémentaires) correspond le bit 0. Ainsi, l'idée des puces à DNA était née. Le concept consiste d'abord à fixer un fragment de DNA sur un support qui était au départ une membrane de nylon. Avec le changement de support (verre, platine microélectronique de silicate (chip)) on sait aujourd'hui déposer 25000 fragments de DNA sur une surface de 5,3 x 5,3 cm (soit 1 dépôt par 300 µm).

Il est actuellement possible de déposer près d'un million d'échantillons sur une puce à DNA. Avec cette méthodologie, beaucoup de chercheurs délaisseraient leurs tubes Eppendorf au profit d'une utilisation des puces à DNA!. D'autre part, Il est devenu possible de synthétiser des oligomères directement sur le support. Ceci a donné naissance aux 'oligo-chips' qui font partie des puces les plus petites et les plus denses.
Quelle que soit le type de puce à DNA, l'hybridation utilisée est de type 'southern' (pour rappel vous pouvez suivre cette animation sur southern blot: http://www.dnalc.org/shockwave/southan.html) où la sonde

est marquée par un fluorochrome. Les sites hybridés emettent une fluorescence que peut capter une caméra vidéo. Les images sont transmises à un ordinateur qui les traitera. Pour avoir une idée suivez cette animation (http://www.bio.davidson.edu/courses/genomics/chip/chip.html ).
Dautres méhodes de détection ne reposant pas sur l'hydridation, ont été dévelopées avec les puces à DNA. La méthode SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) en est un exemple. Elle permet d'analyser la fréquence d'un RNA messager quel que soit son niveau d'expression parmi les milliers produits par une cellule dans des conditions données (stress biotique et abiotique). La méthode SAGE repose sur 3 principes: 1/ une séquence d'une dizaine de nucléotides suffit pour constituer une étiquette caractéristique de chacun des RNA messagers, 2/ Les étiquettes peuvent être liées entre elles pour former une longue molécule (série d'étiquettes) qui peut être clonée puis séquencée, 3/ Le nombre d'apparition d'une étiquette est en rapport avec le niveau d'expression du transcrit correspondant. Atitre indicatif, cette méthode a été utilisée pour étudier les profils de transcription chez le riz (3) et l'expression des gènes relatifs aux maladies cardiovasculaires (4).

1. DRMANAC et al., 1989. Sequencing of megabase plus DNA by hybridization: theory of the method. Genomics 2, 114-128.
2. KHRAPKO, KR. et al., 1989. An oligonucleotide hybridization approach to DNA sequencing. FEBS Letters 256, 118-122.
3. MATSUMURA et al., 1999. Transcript profiling in rice (Oriza sativa L.) seedlings using serial analysis of gene expression. Plant J. 20, 719-726.
4. http://circres.ahajournals.org/cgi/reprint/91/7/565

plus de détails sont disponibles sut Internet:

http://www.gene-chips.com/GeneChips.html (Revue de synthèse sur les puces à DNA)
http://medlab.ipmc.cnrs.fr/Docs/mediante.doc/InfosGenerales/Biopuces/DNA Microarrays.htm (liste des sites web et publications sur les puces à DNA)

ANIMATIONS SELECTIONNEES (Certaines animations incorporent le son aussi)

DNA Microarray Methodology (Flash animation): http://www.bio.davidson.edu/courses/genomics/chip/chip.html .
Séquençage de DNA génomique: http://brodylab.eng.uci.edu/cgi-bin/jpbrody/animation/files/15-981753779.html
Synthèse de l'ATP (rôle de l'ATP synthase): http://www.soest.hawaii.edu/~ffd/bio275/movies/atp%20production/ATPsynthase.swf

DICTIONNAIRES EN LIGNE

Dictionnaire des synonymes: http://elsap1.unicaen.fr/dicosyn.html
Dicorama: http://www.dicorama.com

CALCULATEURS EN LIGNE

Oligocalculateur (donne les propriétés (longueur, T° fusion, % GC, PM...) de séquences précises de nucléotides: http://micro.nwfsc.noaa.gov/protocols/oligoTMcalc.html

COURS THERIQUES ET PRATIQUES EN LIGNE

Molecular Biology: (Anglais): http://www-biology.ucsd.edu/classes/bimm100.FA00/lectures.html
Bioinformatique (cours théorique et pratique, en Anglais): http://www.biotechnologym.com/bioinformatics.htm

MANIFESTATIONS SCIENTIFIQUES.

01-03 décembre 2004, Marrakech, Maroc.1er Congrès International "ALIMENTATION MEDITERRANEENNE & BENEFICE SANTE" (AMBS2004), http://www.ucam.ac.ma/fssm/ambs2004
15-16 Décembre 2004, Casablanca, Maroc: Journées 'Biologie et Santé' (http://www.pasteur.ma/jbs2004).
10-14 mai 2005, Swansea, Wales, UK: Yeast Lipid Conference (http://www.yeastlipidconference.tugraz.at ).
2-7 Juillet 2005, Budapest, Hongrie. 30e. Congrès de la FEBS, (possibilité de bourses pour jeunes chercheurs).
18-23 Juin 2006, Kyoto, Japon. 20ième COngrès International de Biochimie et Biologie Moléculaire. Site web: http://www.congre.co.jp/iubmb.

BOURSES, STAGES

1/ Bourses Marie-Curie-Trainingsite on organic micropolluants in aquatic environment (Jeunes Etudiants n'ayant pas encore leur Doctorat, Durée: 24 mois,...). Plus de déails: http://www.wf.rwth-hen.de/aquabase.
2/ Bourse du Programme Postdoctotal DAAD/Roche Diagnostics (Jeunes chercheurs étrangers dans domaines de Biochimie et Biologie Molécumaire, Durée: 12-24 mois...). Plus de déails: http://www.daad.de/deutschland/de/2.4.7.3_fr.html
3/

ACCUEIL/ STATUTS / ASSEMBLEES GENERALES / CONSEILS / BUREAU & CORRESPONDANTS /CONGRES / ANNUAIRE / BOURSES / JOURNAL / LIENS
Les secrets du mentalisme / abc du concours d`aide soignante ou d`auxiliaire/ Lecture Eclair / Comment maigrir rapidement /Programme : Pensez Concentrez Réussissez / SubliDevelop / Le programme Pensez & Mémorisez Mangez et Maigrissez / La Fin de vos Problèmes de Poids! Définitivement / Améliorer sa Concentration