جزيئات البيوكيمياء. مقارنة باستعمال JMOL, JSmol
Biochemistry molecules. Comparison based on JMOL, JSmol


جزيئات البيوكيمياء (الكيمياء الحيوية) ككل الجزيئات الأخرى تختلف وفق بنياتها ووظائفها. من أجل استيعابها، يحبد مقارنتها جزيء مع جزيء من ناحية البنية ثم الوظيفة هناك برمجيات يمكن استعمالها في هذا الميدان، نذكر من بينها برامج JMOL و JSmol لتفحص الجزيئات في البعد الثالث.

Biochemistry molecules Like other molecules, differ according to their structures and functions. In order to understand it, it is necessary to compare it molecule with molecule in terms of structure and then function. There are programs that can be used in this field, among which we mention the programs JMOL, JSmol and JSmol to examine molecules in the third dimension.
See: Video explaining how to work with JMOL, JSmol


استظهار فئات مختلفة من الجزيئات بواسطة JSmol
Visualization of different categories of molecules with JSmol

(Jmol site)

تنبيه: لعرض هذه الصفحة بشكل صحيح، استخدم متصفحًا مناسبا (Mozilla FireFox، و Google Chrome، وأحدث إصدارات Internet Explorer)
اختر جزيئًا من فئة معينة في القوائم المنسدلة أدناه:

WARNING: to view this page properly, use a compatible browser (Mozilla FireFox, Google Chrome, recent Internet Explorer)

الألوان المعتمدة للذرات Colors adopted for atoms:
atom colors

اختر جزيئا من القوائم أدناه لمقارنته بجزيء من القائمة الثانية (انظر أسئلة الاختبار)
Choose a molecule from the lists below to compare it with a molecule from the second list (see questions of the quiz).
المجموعة الأولى من الجزيئات - The first set of molecules:



اختر جزيئا من القوائم أدناه لمقارنته بجزيء من القائمة الأولى (انظر أسئلة الاختبار)
Choose a molecule from the lists below to compare it with a molecule from the first list (see questions of the quiz).
المجموعة الثانية من الجزيئات - The second set of molecules :

Share this information on social media تبادل المعلومة عبر المواقع الإجتماعية
facebook Twitter Linkedin whatsApp email icon

اختبار - Quiz:

Q.1 سؤال .
استعانة بنافدة JSmol قارن جزيئ الجلوكوز بالقائمة الأولى للجزيئات مع جزيء فيتامين ج (Vitamin C) في القائمة الثانية وأجب عن الأسئلة التالية باختيار المعلومة أو المعلومات الصحيحة:
Using the JSmol window, compare the glucose molecule in the first list of molecules with the vitamin C molecule in the second list and answer the following questions by choosing the correct information(s):
(للجلوكوز وفيتامين ج نفس عدد ذرات الأكسيجين والكاربون
Glucose and vitamin C have the same number of oxygen and carbon atoms
)(!عكس الجلوكوز، فيتامين ج محلقن بين ذرتي الكاربون رقم 1 و5
Unlike glucose, vitamin C is cyclized between carbon atoms 1 and 5
)(من الممكن أن يتداخل فيتامين C مع الجلوكوز عند قياسه في الدم -نسبة السكر في الدم لدى مرضى السكر-
It is possible that vitamin C interferes with glucose when measuring it in the blood -glycemia of diabetics-
)

Q.2 سؤال .
استعانة بنافدة JSmol قارن جزيئ الكافيين بالقائمة الأولى للجزيئات مع جزيء الثيوبرومين (Theobromine) في القائمة الثانية وأجب عن الأسئلة التالية باختيار المعلومة أو المعلومات الصحيحة:
Using the JSmol window, compare the caffeine molecule in the first list of molecules with the theobromine molecule in the second list and answer the following questions by choosing the correct information(s):
(!يحتوي الكافيين والثيوبرومين على عدد مختلف من ذرات النيتروجين والكربون
caffeine and theobromine have the differents number of nitrogen and oxygen atoms
)(الفرق بين الكافيين والثيوبرومين هو وجود ميثيل على ذرة رقم 7 -نيتروجين- في الكافيين
The difference between caffeine and theobromine is a methyl on the atom number 7 -nitrogen- of caffeine
)(!الفرق بين الكافيين والثيوبرومين هو وجود ميثيل على ذرة الكافيين رقم 1 -الكربون-.
The difference between caffeine and theobromine is a methyl on the atom number 1 -carbone- of caffeine
)


تفاصيل الإجابات - Answer details

Q1. يظهر الجلوكوز وفيتامين C (حمض الأسكوربيك) بعض التشابهات فيما يتعلق بتركيباتهما (نفس أعداد ذرات الأكسجين والكربون).
تحدث حلقنة فيتامين C بين الكربون 1 و4، على عكس الجلوكوز (بين . الكربون 1 و5.
أظهرت الدراسات المقارنة لأجهزة قياس السكر الأكثر استخدامًا باستخدام طريقة القياس اللوني للجلوكوز أوكسيديز-بيروكسيداز، أن تركيزات الأسكوربيك غير الفسيولوجية يمكن أن تزيد قياسات الجلوكوز في الدم بأكثر من 30%.

Q1. Glucose and vitamin C (ascorbic acid) present some smilarities rgarding teir structures (same numbers of oxygen and carbone atoms).
The cyclization of vitamin C takes place between carbon 1 and 4, unlike glucose (between carbon 1 and 5).
Comparative studies of most commonly used glucometers using glucose oxidase-peroxidase colorimetric method, have shown that unphysiologic ascorbic concentrations can iincrease glucose measurements in blood by more than 30%.

Q1. كل من الكافيين والثيوبرومين جزيئات متشابهة جدًا. لكنها تختلف فقط في مجموعة ميثيل واحدة!
الفرق الوحيد بين الكافيين والثيوبرومين هو وجود ميثيل على ذرة رقم 7 -نيتروجين- في الكافيين
يفسر التشابه الملحوظ بين هذين الجزيئين أوجه التشابه بينهما في تأثيرات الجزيئين على الكائنات الحية. كل من هذه الجزيئات لها أيضًا تأثيرات مدرة للبول ومحفزة للقلب، بحكم التشابه الهيكلي بينهما. .للتذكير، الثيوبرومين هو القلويد الرئيسي لحبوب الكاكاو. يتم استهلاكه في الكاكاو والشوكولاتة

caffeine, theobromine

Q2. Both caffeine and theobromine are very similar molecules. But they only differ by a single methyl group!. The only difference between caffeine and theobromine is the presence of a methyl on atom number 7 - nitrogen - in caffeine. The similarity among these two molecules explains their similarities in body effects on living organisms. Both of the two molecules also have diuretic and heart stimulation effects, due to their structural similarities. Theobromine is the principal alkaloid of the cacao bean. It is consumed in cocoa and chocolate.


روابط مفيدة - Useful links

- كيفية استظهار بنيات الجزيئات في البيوكيمياء بواسطة برنامج JMOL, JSmol
How to display the molecule structures in biochemistry using JMOL, JSmol programs

- مقارنة بصرية لأنواع مختلفة من جزيئات البيوكيمياء باستعمال JMOL, JSmol
Visual comparison of different species of biochemistry molecules (JMOL structure).

- Comparaison visuelle par Jsmol de différentes catégories de molécules en Chimie
- Comparaison visuelle par Jsmol de 2 molécules en Chimie
- Molécules. Structure 3D
- BIOMOLECULES (GLUCIDES, LIPIDES, ADN, ARN, PROTEINES). STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE PAR JMOL
دراسة البنية الثلاثية البعد للبيوجزيئات




تكوين. دعم الثقافة العلمية ومواكبة الانتقال من الثانوية إلى الجامعة
Actions taken to promote scientific culture and facilitate the transition Lycée-Université
لضمان الاستمرار في خدمة الزوار، ودعم أعمالنا على المواقع ألإلكترونية من خلال اقتناء الكتب والمواد التعليمية الهادفة إلى تحسين التدريس والبحث في الكيمياء الحيوية.
In order to continue to serve visitors, support our actions on the site takween by purchasing books and educational materials intended to improve teaching and research scientist in Biochemistry.
Livres biochimie, sciences vie

Adresse

Faculty of Sciences, Cadi Ayyad University
Marrakech, 40000, Morocco

FORMULAIRE POUR CONTACT

Email: baaziz@uca.ac.ma
Phone: 212524434649 (post 513)
Fax: 212524434669
About biokimia.org

جزيئات بيوكيميائية. مقارنة - biochemistry molecules. Comparison